La lluvia caída en el arranque de la jornada del sábado ha cambiado ligeramente el guión en la categoría reina con respecto a la jornada inicial en el circuito de Brno. Casey Stoner (Repsol Honda), que ayer fue segundo en las dos primeras tandas libres, ha registrado el mejor crono con el asfalto húmedo. Más entonado que el primer día, Jorge Lorenzo (Yamaha Factory Racing) ha liderado la hoja de tiempos durante buena parte de la sesión y finalmente ha firmado la segunda plaza con un crono a escasas 5 milésimas de su principal rival en el Campeonato. Las especiales condiciones que presenta la pista checa en el arranque de la jornada han permitido un significativo avance en las prestaciones de Valentino Rossi (Ducati Team), que se ha situado tercero a sólo 0.122s. del más rápido y por delante de Dani Pedrosa (Repsol Honda), que ha optado por bajar de revoluciones ante el nuevo escenario y ha firmado la cuarta posición tras encabezar el viernes las dos sesiones libres.
Detrás de ellos y como Rossi, se pudo ver a pilotos que en condiciones normales no tienen demasiadas posibilidades de luchar en lo más alto de la tabla de tiempos, como es el caso del japonés Hiroshi Aoyama (Honda RC 212 V) o el británico Cal Crutchlow (Yamaha YZR M 1), entre otros.
Con todo, al final fueron los tiempos de la segunda tanda de pruebas libres los que prevalecieron en la clasificación.
Clasificación tras los terceros libres de MotoGP:
.1. Dani Pedrosa (ESP/Honda RC 212 V) 1:56.454 a 167,206 km/h.
.2. Casey Stoner (AUS/Honda RC 212 V) 1:56.831
.3. Marco Simoncelli (ITA/Honda RC 212 V) 1:57.136
.4. Jorge Lorenzo (ESP/Yamaha YZR M 1) 1:57.174
.5. Andrea Dovizioso (ITA/Honda RC 212 V) 1:57.535
.6. Ben Spies (USA/Yamaha YZR M 1) 1:57.631
.7. Valentino Rossi (ITA/Ducati Desmosedici) 1:57.745
.8. Álvaro Bautista (ESP/Suzuki GSV RR) 1:57.857
.9. Cal Crutchlow (GBR/Yamaha YZR M 1) 1:57.859
10. John Hopkins (USA/Suzuki GSV RR) 1:57.880
11. Héctor Barberá (ESP/Ducati Desmosedici) 1:58.120
18. Toni Elías (ESP/Honda RC 212 V) 1:59.157.